O Aeroporto Regional de Bonito (BYO) é o aeroporto mais próximo de Bonito. O aeroporto fica a 14 km do centro da cidade e demora cerca de 15 minutos de carro para chegar.
O Aeroporto Internacional de Campo Grande é o acesso mais comum para quem vai fazer a viagem para Bonito. O aeroporto fica a 300 km de Bonito, o que corresponde a cerca de 4 horas de viagem. O aeroporto oferece boa infraestrutura para turistas com vans compartilhadas, táxis ou carros alugados.
A Azul e a GOL Linhas Aéreas têm voos diretos para Bonito. A Azul opera voos diretos para Bonito pelo menos três vezes por semana, partindo do Aeroporto Internacional de Viracopos (VCP), em Campinas.